Il Dottorato di Ricerca in Biotecnologie (DdR-B) fornisce moderne conoscenze teoriche e pratiche per educare specialisti in grado di progettare e realizzare processi biotecnologici innovativi. Il processo formativo si propone in particolare di sviluppare negli allievi le seguenti competenze:
- conoscenze teoriche avanzate sui sistemi biologici, in chiave molecolare e cellulare;
- conoscenze applicate allo sviluppo di processo per applicazioni biotecnologiche;
- metodologia della ricerca scientifica e sensibilità all’innovazione in campo biotecnologico;
- conoscenza degli aspetti normativi, deontologia ed etica associati all'impiego di biotecnologie;
- coordinamento di risorse umane ed alla gestione di risorse materiali nello sviluppo di applicazioni biotecnologiche;
- perfezionamento della conoscenza di almeno un’altra lingua dell'Unione Europea;
- comunicazione e la gestione dell'informazione al passo con i tempi.
Le diverse competenze e specificità culturali e professionali evidenziano la multidisciplinarietà degli approcci e delle tematiche e la vocazione a carattere industriale e produttivo. Al meglio delle nostre conoscenze questa vocazione è caratteristica peculiare del Dottorato di Ricerca in Biotecnologie di Napoli rispetto agli altri presenti sul territorio nazionale ad indirizzo più specificamente agrario o medico.
Il percorso del dottorato è infatti sostenuto anche dalla collaborazione con realtà industriali campane, nazionali ed internazionali con le quali i componenti del Collegio ed i Dipartimenti coinvolti hanno collaborazioni scientifiche e di ricerca. Nell'ambito di specifici programmi finanziati dalla Regione Campania sono stati organizzati corsi di "Dottorato in Azienda" in collaborazione con SME campane. Una tale iniziativa, affiancata all'intenso rapporto con imprese italiane e straniere stabilito dal dottorato, favorisce la conoscenza e la partecipazione dei futuri dottori di ricerca nelle realtà produttive industriali.
I Dottori di Ricerca in Biotecnologie dell’Ateneo Federico II di Napoli sono molto apprezzati nel campo della ricerca accademica o industriale e nel mondo imprenditoriale. Il numero ed il livello di pubblicazioni su riviste internazionali prodotte dai dottorandi è elevato, così come il livello delle tesi e la loro discussione con le commissioni, costituite da almeno due docenti stranieri. Il Nucleo di Valutazione dell'Ateneo ha sempre classificato il DdR-B tra i Dottorati di Ricerca di eccellenza dell'Ateneo Federico II, posizionandolo ai primi posti delle graduatorie di valutazione.
Dal 2018 il Dottorato in Biotecnologie dedica una borsa alla memoria di Giulio Regeni.
Principali Università e Istituti di ricerca che collaborano con il dottorato in Biotecnologie:
 | Aix Marseille Université Marseille, France | |
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 | An-Najah National University Nablus, Palestine | |
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 | Beuth University of Applied Sciences Berlin, Germany | |
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 | Gdansk University of Technology (Politechnika Gdanska) Gdansk, Poland | |
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 | Lisbon Unversity (ULisboa) Lisbon, Portugal | |
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 | Newcastle University Newcastle, UK | |
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 | Universidad Complutense de Madrid Madrid, Spain | |
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 | UPenn (University of Pennsylvania) Philadelphia, Pennsylvania, USA | |
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Una recente indagine sull'impiego dei dottori di ricerca in Biotecnologie condotta (un anno dopo il conseguimento del titolo) su oltre 61 persone che hanno ottenuto il titolo all'Università di Napoli dal 2011 al 2017 ha dimostrato che:
 | Il tempo medio occorente per trovare una occupazione è 3.1 mesi il 75% ha trovato un impiego in Italia | ||
Tutti gli intervistati pensano che il loro dottorato sia stato determinante nell'ottenere un lavoro altamente qualificato.
Il Dottorato di Ricerca in Biotecnologie è nato nel 2001 con la missione di rispondere alla domanda di nuove professionalità nel campo delle biotecnologie. Negli anni successivi il corso ha afferito alla Scuola di Dottorato in Biotecnologie che comprendeva tre percorsi: Biotecnologie Industriali e Molecolari, Biotecnologie Mediche e Biotecnologie Agrarie.
Dal 29° ciclo (2014-2017) è stato ricostituito l'originario dottorato in Biotecnologie.
Attualmente ci sono tre corsi di dottorato attivi:
